Commit 05abd9da70fc315977398e142c5c0facf9eb60d9 - kmc

Refresh patches. Debian Janitor 2 years ago

7 changed file(s) with 72 addition(s) and 38 deletion(s). Raw diff Collapse all Expand all

-3

debian/patches/0005-Add-static-library-target-to-makefile.patch less more

4	4	makefile \| 13 ++++++++++---
5	5	1 file changed, 10 insertions(+), 3 deletions(-)
6	6
	7	Index: kmc/makefile
	8	===================================================================
7	9	--- kmc.orig/makefile
8	10	+++ kmc/makefile
9	11	@@ -1,4 +1,4 @@

12	14
13	15	KMC_BIN_DIR = bin
14	16	KMC_MAIN_DIR = kmer_counter
15		@@ -9,6 +9,7 @@
	17	@@ -9,6 +9,7 @@ PY_KMC_API_DIR = py_kmc_api
16	18
17	19	KMC_TOOLS_CXXFLAGS := $(CXXFLAGS) -Wall -O3
18	20	KMC_TOOLS_LDFLAGS := $(LDFLAGS) -lm -O3 -lpthread -std=c++14 -lz -lbz2

20	22
21	23	CXXFLAGS += -Wall -O3
22	24	LDFLAGS += -lm -O3 -lpthread -std=c++11 -lz -lbz2
23		@@ -97,6 +98,10 @@
	25	@@ -97,6 +98,10 @@ py_kmc_api: $(PY_KMC_API_OBJS) $(PY_KMC_
24	26	-I `python3 -c "import sysconfig;print(sysconfig.get_paths()['include'])"` \
25	27	-o $(KMC_BIN_DIR)/$@`python3-config --extension-suffix`
26	28

31	33	clean:
32	34	-rm -f $(KMC_MAIN_DIR)/*.o
33	35	-rm -f $(KMC_API_DIR)/*.o
34		@@ -105,3 +110,4 @@
	36	@@ -105,3 +110,4 @@ clean:
35	37	-rm -f $(PY_KMC_API_DIR)/*.o
36	38	-rm -f $(PY_KMC_API_DIR)/*.so
37	39	-rm -rf bin

-0

debian/patches/disable-python-bindings.patch less more

5	5	Last-Update: 2020-12-10
6	6	---
7	7	This patch header follows DEP-3: http://dep.debian.net/deps/dep3/
	8	Index: kmc/makefile
	9	===================================================================
8	10	--- kmc.orig/makefile
9	11	+++ kmc/makefile
10	12	@@ -1,4 +1,4 @@

-2

debian/patches/makefile.patch less more

4	4	makefile \| 10 +++++-----
5	5	1 file changed, 5 insertions(+), 5 deletions(-)
6	6
	7	Index: kmc/makefile
	8	===================================================================
7	9	--- kmc.orig/makefile
8	10	+++ kmc/makefile
9		@@ -7,12 +7,11 @@
	11	@@ -7,12 +7,11 @@ KMC_DUMP_DIR = kmc_dump
10	12	KMC_TOOLS_DIR = kmc_tools
11	13	PY_KMC_API_DIR = py_kmc_api
12	14

23	25
24	26	KMC_OBJS = \
25	27	$(KMC_MAIN_DIR)/kmer_counter.o \
26		@@ -61,38 +60,38 @@
	28	@@ -61,38 +60,38 @@ $(KMC_TOOLS_DIR)/fastq_writer.o \
27	29	$(KMC_TOOLS_DIR)/percent_progress.o
28	30
29	31	$(KMC_OBJS) $(KMC_DUMP_OBJS) $(KMC_API_OBJS): %.o: %.cpp

-0

debian/patches/newish_gcc_build_fix.patch less more

0	0	Description: add required header for std::modf
1	1	Author: Sascha Steinbiss <sascha@steinbiss.name>
	2	Index: kmc/kmc_dump/nc_utils.h
	3	===================================================================
2	4	--- kmc.orig/kmc_dump/nc_utils.h
3	5	+++ kmc/kmc_dump/nc_utils.h
4	6	@@ -11,6 +11,7 @@

+32

-18

debian/patches/simde less more

0	0	Author: Michael R. Crusoe <crusoe@debian.org>
1	1	Description: support non-x86 systems via libsimde-dev
	2	Index: kmc/kmer_counter/cpu_info.cpp
	3	===================================================================
2	4	--- kmc.orig/kmer_counter/cpu_info.cpp
3	5	+++ kmc/kmer_counter/cpu_info.cpp
4		@@ -38,6 +38,7 @@
	6	@@ -38,6 +38,7 @@ static struct CpuInfoImpl {
5	7	string vendor, brand;
6	8	void cpuid(int *result, int function_id) const
7	9	{

9	11	#ifdef _MSC_VER
10	12	__cpuidex(result, function_id, 0);
11	13
12		@@ -53,10 +54,12 @@
	14	@@ -53,10 +54,12 @@ static struct CpuInfoImpl {
13	15	__asm__("cpuid\n\t"
14	16	: "=a" (result[0]), "=b" (result[1]), "=c" (result[2]), "=d" (result[3]) : "0" (function_id), "c"(0));
15	17	#endif

22	24	array<int, 4> cpui = { -1 };
23	25	cpuid(cpui.data(), 0);
24	26	int nIds_ = cpui[0];
25		@@ -90,6 +93,9 @@
	27	@@ -90,6 +93,9 @@ static struct CpuInfoImpl {
26	28	std::bitset<32> EBX = data_[7][1];
27	29	avx2 = EBX[5];
28	30	}

32	34	}
33	35
34	36	const string& GetVendor() const
35		@@ -145,4 +151,4 @@
	37	@@ -145,4 +151,4 @@ bool CCpuInfo::SSE42_Enabled() { return
36	38	bool CCpuInfo::AVX_Enabled() { return cpu_info_impl.avx; }
37	39	bool CCpuInfo::AVX2_Enabled() { return cpu_info_impl.avx2; }
38	40
39	41	-// ***** EOF
40	42	\ No newline at end of file
41	43	+// ***** EOF
	44	Index: kmc/kmer_counter/intr_copy.h
	45	===================================================================
42	46	--- kmc.orig/kmer_counter/intr_copy.h
43	47	+++ kmc/kmer_counter/intr_copy.h
44	48	@@ -11,8 +11,8 @@

52	56
53	57	#ifndef WIN32
54	58	typedef long long __int64;
55		@@ -27,7 +27,7 @@
	59	@@ -27,7 +27,7 @@ inline void IntrCopy64fun(void *_dest, v
56	60	__int64* src = (__int64 *)_src;
57	61
58	62	for (unsigned i = 0; i < size; ++i)

61	65	}
62	66
63	67
64		@@ -41,7 +41,7 @@
	68	@@ -41,7 +41,7 @@ template <unsigned SIZE> struct IntrCopy
65	69	__int64* src = (__int64*)_src;
66	70
67	71	for (unsigned i = 0; i < SIZE; ++i)

70	74	}
71	75	};
72	76
73		@@ -89,4 +89,4 @@
	77	@@ -89,4 +89,4 @@ template <unsigned SIZE> struct IntrCopy
74	78
75	79	#endif
76	80
77	81	-// ***** EOF
78	82	\ No newline at end of file
79	83	+// ***** EOF
	84	Index: kmc/kmer_counter/kmc.h
	85	===================================================================
80	86	--- kmc.orig/kmer_counter/kmc.h
81	87	+++ kmc/kmer_counter/kmc.h
82		@@ -1112,6 +1112,8 @@
	88	@@ -1113,6 +1113,8 @@ template <unsigned SIZE> bool CKMC<SIZE>
83	89	#ifdef __APPLE__
84	90	sort_func = RadixSort::RadixSortMSD<CKmer<SIZE>, SIZE>;
85	91	CSmallSort<SIZE>::Adjust(384);

88	94	#else
89	95	auto proc_name = CCpuInfo::GetBrand();
90	96	bool is_intel = CCpuInfo::GetVendor() == "GenuineIntel";
	97	Index: kmc/makefile
	98	===================================================================
91	99	--- kmc.orig/makefile
92	100	+++ kmc/makefile
93		@@ -30,11 +30,16 @@
	101	@@ -30,11 +30,16 @@ $(KMC_MAIN_DIR)/kb_storer.o \
94	102	$(KMC_MAIN_DIR)/kmer.o \
95	103	$(KMC_MAIN_DIR)/splitter.o \
96	104	$(KMC_MAIN_DIR)/kb_collector.o

107	115
108	116	KMC_DUMP_OBJS = \
109	117	$(KMC_DUMP_DIR)/nc_utils.o \
110		@@ -66,6 +71,7 @@
	118	@@ -66,6 +71,7 @@ $(KMC_OBJS) $(KMC_DUMP_OBJS) $(KMC_API_O
111	119	$(KMC_TOOLS_OBJS): %.o: %.cpp
112	120	$(CXX) $(CPPFLAGS) $(KMC_TOOLS_CXXFLAGS) -c $< -o $@
113	121

115	123	$(KMC_MAIN_DIR)/raduls_sse2.o: $(KMC_MAIN_DIR)/raduls_sse2.cpp
116	124	$(CXX) $(CPPFLAGS) $(CXXFLAGS) -msse2 -c $< -o $@
117	125	$(KMC_MAIN_DIR)/raduls_sse41.o: $(KMC_MAIN_DIR)/raduls_sse41.cpp
118		@@ -74,6 +80,10 @@
	126	@@ -74,6 +80,10 @@ $(KMC_MAIN_DIR)/raduls_avx.o: $(KMC_MAIN
119	127	$(CXX) $(CPPFLAGS) $(CXXFLAGS) -mavx -c $< -o $@
120	128	$(KMC_MAIN_DIR)/raduls_avx2.o: $(KMC_MAIN_DIR)/raduls_avx2.cpp
121	129	$(CXX) $(CPPFLAGS) $(CXXFLAGS) -mavx2 -c $< -o $@

126	134
127	135	kmc: $(KMC_OBJS) $(RADULS_OBJS)
128	136	-mkdir -p $(KMC_BIN_DIR)
	137	Index: kmc/kmer_counter/splitter.cpp
	138	===================================================================
129	139	--- kmc.orig/kmer_counter/splitter.cpp
130	140	+++ kmc/kmer_counter/splitter.cpp
131		@@ -350,7 +350,7 @@
	141	@@ -363,7 +363,7 @@ bool CSplitter::GetSeq(char *seq, uint32
132	142	if (!both_strands && is_rev_comp) //if read is reversed and kmc was run to count all (not only canonical) kmers read must be transformed back
133	143	{
134	144	//static const char rev_maping[] = "=TGMCRSVAWYHKDBN";

137	147	uint32 n_bytes = l_seq / 2;
138	148	uint64_t pos_after = pos + l_seq;
139	149	pos = pos_after;
140		@@ -369,7 +369,7 @@
	150	@@ -382,7 +382,7 @@ bool CSplitter::GetSeq(char *seq, uint32
141	151	}
142	152	else
143	153	{

146	156	uint32 n_bytes = l_seq / 2;
147	157	for (uint32_t ii = 0; ii < n_bytes; ++ii)
148	158	{
149		@@ -956,4 +956,4 @@
	159	@@ -991,4 +991,4 @@ template bool CSplitter::ProcessReadsSma
150	160	template class CWSmallKSplitter<uint32>;
151	161	template class CWSmallKSplitter<uint64>;
152	162
153	163	-// ***** EOF
154	164	\ No newline at end of file
155	165	+// ***** EOF
	166	Index: kmc/kmer_counter/raduls.h
	167	===================================================================
156	168	--- kmc.orig/kmer_counter/raduls.h
157	169	+++ kmc/kmer_counter/raduls.h
158		@@ -23,7 +23,7 @@
	170	@@ -23,7 +23,7 @@ namespace RadulsSort
159	171	{
160	172	template<typename KMER_T>
161	173	void RadixSortMSD_SSE2(KMER_T* kmers, KMER_T* tmp, uint64 n_recs, uint32 byte, uint32 n_threads, CMemoryPool* pmm_radix_buf);

164	176	template<typename KMER_T>
165	177	void RadixSortMSD_SSE41(KMER_T* kmers, KMER_T* tmp, uint64 n_recs, uint32 byte, uint32 n_threads, CMemoryPool* pmm_radix_buf);
166	178
167		@@ -32,8 +32,9 @@
	179	@@ -32,8 +32,9 @@ namespace RadulsSort
168	180
169	181	template<typename KMER_T>
170	182	void RadixSortMSD_AVX2(KMER_T* kmers, KMER_T* tmp, uint64 n_recs, uint32 byte, uint32 n_threads, CMemoryPool* pmm_radix_buf);

176	188	-// ***** EOF
177	189	\ No newline at end of file
178	190	+// ***** EOF
	191	Index: kmc/kmer_counter/raduls_impl.h
	192	===================================================================
179	193	--- kmc.orig/kmer_counter/raduls_impl.h
180	194	+++ kmc/kmer_counter/raduls_impl.h
181		@@ -730,7 +730,7 @@
	195	@@ -730,7 +730,7 @@ namespace RadulsSort
182	196	#define RADULS_RADIX_SORT_FUNNAME RadixSortMSD_AVX
183	197	#elif defined(__SSE4_1__)
184	198	#define RADULS_RADIX_SORT_FUNNAME RadixSortMSD_SSE41

187	201	#define RADULS_RADIX_SORT_FUNNAME RadixSortMSD_SSE2
188	202	#endif
189	203
190		@@ -769,4 +769,4 @@
	204	@@ -769,4 +769,4 @@ namespace RadulsSort
191	205
192	206	#endif
193	207

+18

-12

debian/patches/spelling.patch less more

3	3	Last-Update: 2020-12-10
4	4	---
5	5	This patch header follows DEP-3: http://dep.debian.net/deps/dep3/
	6	Index: kmc/kmc_tools/kmc2_db_reader.h
	7	===================================================================
6	8	--- kmc.orig/kmc_tools/kmc2_db_reader.h
7	9	+++ kmc/kmc_tools/kmc2_db_reader.h
8		@@ -1532,7 +1532,7 @@
	10	@@ -1532,7 +1532,7 @@ desc(desc)
9	11	my_fseek(kmc_pre, 4, SEEK_SET);
10	12	if (fread(LUTS, sizeof(uint64), lut_recs, kmc_pre) != lut_recs)
11	13	{

14	16	exit(1);
15	17	}
16	18	fclose(kmc_pre);
17		@@ -2026,7 +2026,7 @@
	19	@@ -2026,7 +2026,7 @@ template<unsigned SIZE> CKMC2DbReader<SI
18	20	db_reader_counters_only = std::make_unique<CKMC2DbReaderCountersOnly<SIZE>>(header, desc);
19	21	break;
20	22	default: //should never be here

23	25	exit(1);
24	26	}
25	27	}
	28	Index: kmc/kmc_tools/parameters_parser.cpp
	29	===================================================================
26	30	--- kmc.orig/kmc_tools/parameters_parser.cpp
27	31	+++ kmc/kmc_tools/parameters_parser.cpp
28		@@ -150,7 +150,7 @@
	32	@@ -150,7 +150,7 @@ void CParametersParser::read_input_fastq
29	33	config.filtering_params.input_file_type = CFilteringParams::file_type::fastq;
30	34	break;
31	35	default:

34	38	exit(1);
35	39	break;
36	40	}
37		@@ -220,7 +220,7 @@
	41	@@ -220,7 +220,7 @@ void CParametersParser::read_filter_para
38	42	}
39	43	else
40	44	{

43	47	}
44	48	++pos;
45	49	}
46		@@ -264,7 +264,7 @@
	50	@@ -264,7 +264,7 @@ void CParametersParser::read_input_desc(
47	51	}
48	52	else
49	53	{

52	56	exit(1);
53	57	}
54	58	}
55		@@ -534,7 +534,7 @@
	59	@@ -534,7 +534,7 @@ bool CParametersParser::read_output_desc
56	60	}
57	61	else
58	62	{

61	65	Usage();
62	66	exit(1);
63	67	}
64		@@ -594,7 +594,7 @@
	68	@@ -594,7 +594,7 @@ void CParametersParser::Parse()
65	69	}
66	70	else
67	71	{

70	74	Usage();
71	75	exit(1);
72	76	}
73		@@ -614,7 +614,7 @@
	77	@@ -614,7 +614,7 @@ void CParametersParser::Parse()
74	78	read_output_fastq_desc();
75	79	if (config.filtering_params.use_float_value && config.filtering_params.filter_mode != CFilteringParams::FilterMode::normal)
76	80	{

79	83	exit(1);
80	84	}
81	85	}
82		@@ -851,4 +851,4 @@
	86	@@ -851,4 +851,4 @@ void CParametersParser::SetThreads()
83	87
84	88
85	89
86	90	-// ***** EOF
87	91	\ No newline at end of file
88	92	+// ***** EOF
	93	Index: kmc/kmc_tools/parser.cpp
	94	===================================================================
89	95	--- kmc.orig/kmc_tools/parser.cpp
90	96	+++ kmc/kmc_tools/parser.cpp
91		@@ -141,7 +141,7 @@
	97	@@ -141,7 +141,7 @@ void CParser::parseInputLine(const std::
92	98	desc.cutoff_max = atoi(tmp.c_str() + 3);
93	99	continue;
94	100	}

97	103	exit(1);
98	104	}
99	105
100		@@ -220,7 +220,7 @@
	106	@@ -220,7 +220,7 @@ void CParser::parseOtuputParamsLine()
101	107	config.output_desc.counter_max = atoi(tmp.c_str() + 3);
102	108	continue;
103	109	}

106	112	exit(1);
107	113	}
108	114	}
109		@@ -241,4 +241,4 @@
	115	@@ -241,4 +241,4 @@ bool CParser::nextLine(std::string& line
110	116	}
111	117	}
112	118

-3

debian/patches/use-shared-libs less more

5	5	makefile \| 8 ++------
6	6	2 files changed, 6 insertions(+), 10 deletions(-)
7	7
	8	Index: kmc/kmer_counter/fastq_reader.h
	9	===================================================================
8	10	--- kmc.orig/kmer_counter/fastq_reader.h
9	11	+++ kmc/kmer_counter/fastq_reader.h
10	12	@@ -16,8 +16,8 @@

18	20
19	21	using namespace std;
20	22
	23	Index: kmc/makefile
	24	===================================================================
21	25	--- kmc.orig/makefile
22	26	+++ kmc/makefile
23		@@ -36,10 +36,6 @@
	27	@@ -36,10 +36,6 @@ $(KMC_MAIN_DIR)/raduls_sse41.o \
24	28	$(KMC_MAIN_DIR)/raduls_avx2.o \
25	29	$(KMC_MAIN_DIR)/raduls_avx.o
26	30

31	35	KMC_DUMP_OBJS = \
32	36	$(KMC_DUMP_DIR)/nc_utils.o \
33	37	$(KMC_DUMP_DIR)/kmc_dump.o
34		@@ -64,10 +60,6 @@
	38	@@ -64,10 +60,6 @@ $(KMC_TOOLS_DIR)/fastq_reader.o \
35	39	$(KMC_TOOLS_DIR)/fastq_writer.o \
36	40	$(KMC_TOOLS_DIR)/percent_progress.o
37	41

42	46	$(KMC_OBJS) $(KMC_DUMP_OBJS) $(KMC_API_OBJS): %.o: %.cpp
43	47	$(CC) $(CFLAGS) -c $< -o $@
44	48
	49	Index: kmc/kmc_tools/fastq_reader.h
	50	===================================================================
45	51	--- kmc.orig/kmc_tools/fastq_reader.h
46	52	+++ kmc/kmc_tools/fastq_reader.h
47	53	@@ -17,8 +17,8 @@

55	61
56	62
57	63	using namespace std;
58		@@ -96,4 +96,4 @@
	64	@@ -96,4 +96,4 @@ public:
59	65
60	66	#endif
61	67