13 | 13 |
-CC = g++
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14 | 14 |
-CFLAGS = -Wall -O3 -m64 -static -Wl,--whole-archive -lpthread -Wl,--no-whole-archive -std=c++11
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15 | 15 |
-CLINK = -lm -static -O3 -Wl,--whole-archive -lpthread -Wl,--no-whole-archive -std=c++11
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16 | |
+KMC_TOOLS_CXXFLAGS := $(CXXFLAGS) -Wall -O3 -m64 -static -lpthread -std=c++14
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17 | |
+KMC_TOOLS_LDFLAGS := $(LDFLAGS) -lm -static -O3 -lpthread -std=c++14
|
|
16 |
+KMC_TOOLS_CXXFLAGS := $(CXXFLAGS) -Wall -O3 -m64
|
|
17 |
+KMC_TOOLS_LDFLAGS := $(LDFLAGS) -lm -O3 -lpthread -std=c++14 -lz -lbz2
|
18 | 18 |
|
19 | 19 |
-KMC_TOOLS_CFLAGS = -Wall -O3 -m64 -static -Wl,--whole-archive -lpthread -Wl,--no-whole-archive -std=c++14
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20 | 20 |
-KMC_TOOLS_CLINK = -lm -static -O3 -Wl,--whole-archive -lpthread -Wl,--no-whole-archive -std=c++14
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21 | |
+CXXFLAGS += -Wall -O3 -m64 -static -lpthread -std=c++11
|
22 | |
+LDFLAGS += -lm -static -O3 -lpthread -std=c++11
|
|
21 |
+CXXFLAGS += -Wall -O3 -m64
|
|
22 |
+LDFLAGS += -lm -O3 -lpthread -std=c++11 -lz -lbz2
|
23 | 23 |
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24 | 24 |
KMC_OBJS = \
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25 | 25 |
$(KMC_MAIN_DIR)/kmer_counter.o \
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50 | 50 |
kmc: $(KMC_OBJS) $(RADULS_OBJS)
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51 | 51 |
-mkdir -p $(KMC_BIN_DIR)
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52 | 52 |
- $(CC) $(CLINK) -o $(KMC_BIN_DIR)/$@ $^ $(KMC_LIBS)
|
53 | |
+ $(CXX) $(CPPFLAGS) $(CXXFLAGS) -o $(KMC_BIN_DIR)/$@ $^ $(LDFLAGS)
|
|
53 |
+ $(CXX) $(CXXFLAGS) -o $(KMC_BIN_DIR)/$@ $^ $(LDFLAGS)
|
54 | 54 |
|
55 | 55 |
kmc_dump: $(KMC_DUMP_OBJS) $(KMC_API_OBJS)
|
56 | 56 |
-mkdir -p $(KMC_BIN_DIR)
|
57 | 57 |
- $(CC) $(CLINK) -o $(KMC_BIN_DIR)/$@ $^
|
58 | |
+ $(CXX) $(CPPFLAGS) $(CXXFLAGS) -o $(KMC_BIN_DIR)/$@ $^ $(LDFLAGS)
|
|
58 |
+ $(CXX) $(CXXFLAGS) -o $(KMC_BIN_DIR)/$@ $^ $(LDFLAGS)
|
59 | 59 |
|
60 | 60 |
kmc_tools: $(KMC_TOOLS_OBJS) $(KMC_API_OBJS)
|
61 | 61 |
-mkdir -p $(KMC_BIN_DIR)
|
62 | 62 |
- $(CC) $(KMC_TOOLS_CLINK) -o $(KMC_BIN_DIR)/$@ $^ $(KMC_TOOLS_LIBS)
|
63 | |
+ $(CXX) $(CPPFLAGS) $(CXXFLAGS) -o $(KMC_BIN_DIR)/$@ $^ $(KMC_TOOLS_LDFLAGS)
|
|
63 |
+ $(CXX) $(CXXFLAGS) -o $(KMC_BIN_DIR)/$@ $^ $(KMC_TOOLS_LDFLAGS)
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64 | 64 |
|
65 | 65 |
$(PY_KMC_API_DIR)/%.o: $(KMC_API_DIR)/%.cpp
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66 | 66 |
- $(CC) -c -fPIC -Wall -O3 -m64 -std=c++11 $^ -o $@
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67 | |
+ $(CXX) -c -fPIC -Wall -O3 -m64 -std=c++11 $^ -o $@
|
|
67 |
+ $(CXX) $(CPPFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -fPIC -Wall -O3 -m64 -std=c++11 $^ -o $@
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68 | 68 |
|
69 | 69 |
py_kmc_api: $(PY_KMC_API_OBJS) $(PY_KMC_API_OBJS)
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70 | 70 |
-mkdir -p $(KMC_BIN_DIR)
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71 | 71 |
- $(CC) -fPIC -Wall -shared -std=c++11 -O3 $(PY_KMC_API_DIR)/py_kmc_api.cpp $(PY_KMC_API_OBJS) \
|
72 | |
+ $(CXX) -fPIC -Wall -shared -std=c++11 -O3 $(PY_KMC_API_DIR)/py_kmc_api.cpp $(PY_KMC_API_OBJS) \
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|
72 |
+ $(CXX) $(CXXFLAGS) -fPIC -Wall -shared -std=c++11 -O3 $(PY_KMC_API_DIR)/py_kmc_api.cpp $(PY_KMC_API_OBJS) \
|
73 | 73 |
-I $(KMC_API_DIR) \
|
74 | 74 |
-I $(PY_KMC_API_DIR)/libs/pybind11/include \
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75 | 75 |
-I `python3 -c "import sysconfig;print(sysconfig.get_paths()['include'])"` \
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