Codebase list fastaq / debian/3.11.0-1 pyfastaq / genetic_codes.py
debian/3.11.0-1

Tree @debian/3.11.0-1 (Download .tar.gz)

genetic_codes.py @debian/3.11.0-1 — raw · history · blame 

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# see http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/Utils/wprintgc.cgi
codes = {}
starts = {}

#standard genetic code
codes[1] = {
    'TTT': 'F',
    'TTC': 'F',
    'TTA': 'L',
    'TTG': 'L',
    'TCT': 'S',
    'TCC': 'S',
    'TCA': 'S',
    'TCG': 'S',
    'TAT': 'Y',
    'TAC': 'Y',
    'TAA': '*',
    'TAG': '*',
    'TGT': 'C',
    'TGC': 'C',
    'TGA': '*',
    'TGG': 'W',
    'CTT': 'L',
    'CTC': 'L',
    'CTA': 'L',
    'CTG': 'L',
    'CCT': 'P',
    'CCC': 'P',
    'CCA': 'P',
    'CCG': 'P',
    'CAT': 'H',
    'CAC': 'H',
    'CAA': 'Q',
    'CAG': 'Q',
    'CGT': 'R',
    'CGC': 'R',
    'CGA': 'R',
    'CGG': 'R',
    'ATT': 'I',
    'ATC': 'I',
    'ATA': 'I',
    'ATG': 'M',
    'ACT': 'T',
    'ACC': 'T',
    'ACA': 'T',
    'ACG': 'T',
    'AAT': 'N',
    'AAC': 'N',
    'AAA': 'K',
    'AAG': 'K',
    'AGT': 'S',
    'AGC': 'S',
    'AGA': 'R',
    'AGG': 'R',
    'GTT': 'V',
    'GTC': 'V',
    'GTA': 'V',
    'GTG': 'V',
    'GCT': 'A',
    'GCC': 'A',
    'GCA': 'A',
    'GCG': 'A',
    'GAT': 'D',
    'GAC': 'D',
    'GAA': 'E',
    'GAG': 'E',
    'GGT': 'G',
    'GGC': 'G',
    'GGA': 'G',
    'GGG': 'G',
}

starts[1] = set([
    'TTG',
    'CTG',
    'ATG',
])

#mycoplasma genetic code
codes[4] = {
    'TTT': 'F',
    'TTC': 'F',
    'TTA': 'L',
    'TTG': 'L',
    'TCT': 'S',
    'TCC': 'S',
    'TCA': 'S',
    'TCG': 'S',
    'TAT': 'Y',
    'TAC': 'Y',
    'TAA': '*',
    'TAG': '*',
    'TGT': 'C',
    'TGC': 'C',
    'TGA': 'W',
    'TGG': 'W',
    'CTT': 'L',
    'CTC': 'L',
    'CTA': 'L',
    'CTG': 'L',
    'CCT': 'P',
    'CCC': 'P',
    'CCA': 'P',
    'CCG': 'P',
    'CAT': 'H',
    'CAC': 'H',
    'CAA': 'Q',
    'CAG': 'Q',
    'CGT': 'R',
    'CGC': 'R',
    'CGA': 'R',
    'CGG': 'R',
    'ATT': 'I',
    'ATC': 'I',
    'ATA': 'I',
    'ATG': 'M',
    'ACT': 'T',
    'ACC': 'T',
    'ACA': 'T',
    'ACG': 'T',
    'AAT': 'N',
    'AAC': 'N',
    'AAA': 'K',
    'AAG': 'K',
    'AGT': 'S',
    'AGC': 'S',
    'AGA': 'R',
    'AGG': 'R',
    'GTT': 'V',
    'GTC': 'V',
    'GTA': 'V',
    'GTG': 'V',
    'GCT': 'A',
    'GCC': 'A',
    'GCA': 'A',
    'GCG': 'A',
    'GAT': 'D',
    'GAC': 'D',
    'GAA': 'E',
    'GAG': 'E',
    'GGT': 'G',
    'GGC': 'G',
    'GGA': 'G',
    'GGG': 'G'
} 

starts[4] = set([
    'TTA',
    'TTG',
    'CTG',
    'ATT',
    'ATC',
    'ATA',
    'ATG',
    'GTG',
])


# Bacterial, Archaeal and Plant Plastid Code
codes[11] = codes[1]

starts[11] = set([
    'TTG',
    'CTG',
    'ATT',
    'ATC',
    'ATA',
    'ATG',
    'GTG',
])