Tree @HEAD (Download .tar.gz)

• centrifuge.xcodeproj
• debian
• doc
• evaluation
• example
• indices
• third_party
• .gitignore
• aligner_bt.cpp
• aligner_bt.h
• aligner_cache.cpp
• aligner_cache.h
• aligner_metrics.h
• aligner_result.h
• aligner_seed.cpp
• aligner_seed.h
• aligner_seed_policy.cpp
• aligner_seed_policy.h
• aligner_sw.cpp
• aligner_sw.h
• aligner_sw_common.h
• aligner_sw_nuc.h
• aligner_swsse.cpp
• aligner_swsse.h
• aligner_swsse_ee_i16.cpp
• aligner_swsse_ee_u8.cpp
• aligner_swsse_loc_i16.cpp
• aligner_swsse_loc_u8.cpp
• aln_sink.h
• alphabet.cpp
• alphabet.h
• assert_helpers.h
• AUTHORS
• binary_sa_search.h
• bitpack.h
• blockwise_sa.h
• bt2_idx.cpp
• bt2_idx.h
• bt2_io.h
• bt2_util.h
• btypes.h
• ccnt_lut.cpp
• centrifuge
• centrifuge-build
• centrifuge-BuildSharedSequence.pl
• centrifuge-compress.pl
• centrifuge-download
• centrifuge-inspect
• centrifuge-kreport
• centrifuge-promote
• centrifuge-RemoveEmptySequence.pl
• centrifuge-RemoveN.pl
• centrifuge-sort-nt.pl
• centrifuge.cpp
• centrifuge_build.cpp
• centrifuge_build_main.cpp
• centrifuge_compress.cpp
• centrifuge_inspect.cpp
• centrifuge_main.cpp
• centrifuge_report.cpp
• classifier.h
• diff_sample.cpp
• diff_sample.h
• dp_framer.cpp
• dp_framer.h
• ds.cpp
• ds.h
• edit.cpp
• edit.h
• endian_swap.h
• fast_mutex.h
• filebuf.h
• formats.h
• functions.sh
• group_walk.cpp
• group_walk.h
• hi_aligner.h
• hier_idx.h
• hier_idx_common.h
• hyperloglogbias.h
• hyperloglogplus.h
• LICENSE
• limit.cpp
• limit.h
• ls.cpp
• ls.h
• Makefile
• MANUAL
• MANUAL.markdown
• mask.cpp
• mask.h
• mem_ids.h
• mm.h
• multikey_qsort.h
• NEWS
• opts.h
• outq.cpp
• outq.h
• pat.cpp
• pat.h
• pe.cpp
• pe.h
• presets.cpp
• presets.h
• processor_support.h
• qual.cpp
• qual.h
• random_source.cpp
• random_source.h
• random_util.cpp
• random_util.h
• read.h
• read_qseq.cpp
• README.md
• ref_coord.cpp
• ref_coord.h
• ref_read.cpp
• ref_read.h
• reference.cpp
• reference.h
• scoring.cpp
• scoring.h
• search_globals.h
• sequence_io.h
• shmem.cpp
• shmem.h
• simple_func.cpp
• simple_func.h
• sse_util.cpp
• sse_util.h
• sstring.cpp
• sstring.h
• str_util.h
• taxonomy.h
• threading.h
• timer.h
• tinythread.cpp
• tinythread.h
• tokenize.h
• TUTORIAL
• util.h
• VERSION
• word_io.h
• zbox.h