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* Copyright 2011, Ben Langmead <langmea@cs.jhu.edu>
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*/
#ifndef OPTS_H_
#define OPTS_H_
enum {
ARG_ORIG = 256, // --orig
ARG_SEED, // --seed
ARG_SOLEXA_QUALS, // --solexa-quals
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ARG_STARTVERBOSE, // --startverbose
ARG_QUIET, // --quiet
ARG_METRIC_IVAL, // --met
ARG_METRIC_FILE, // --met-file
ARG_METRIC_STDERR, // --met-stderr
ARG_METRIC_PER_READ, // --met-per-read
ARG_REFIDX, // --refidx
ARG_SANITY, // --sanity
ARG_PARTITION, // --partition
ARG_INTEGER_QUALS, // --int-quals
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ARG_MM, // --mm
ARG_MMSWEEP, // --mmsweep
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ARG_FR, // --fr
ARG_RF, // --rf
ARG_NO_MIXED, // --no-mixed
ARG_NO_DISCORDANT, // --no-discordant
ARG_CACHE_LIM, // --
ARG_CACHE_SZ, // --
ARG_NO_FW, // --nofw
ARG_NO_RC, // --norc
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ARG_HADOOPOUT, // --hadoopout
ARG_FUZZY, // --fuzzy
ARG_FULLREF, // --fullref
ARG_USAGE, // --usage
ARG_SNPPHRED, // --snpphred
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ARG_SAM_RG, // --sam-rg
ARG_SAM_RGID, // --sam-rg-id
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ARG_SEED_SUMM, // --seed-summary
ARG_OVERHANG, // --overhang
ARG_NO_CACHE, // --no-cache
ARG_USE_CACHE, // --cache
ARG_NOISY_HPOLY, // --454/--ion-torrent
ARG_LOCAL, // --local
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ARG_DPAD, // --dpad
ARG_SAM_PRINT_YI, // --mapq-print-inputs
ARG_ALIGN_POLICY, // --policy
ARG_PRESET_VERY_FAST, // --very-fast
ARG_PRESET_FAST, // --fast
ARG_PRESET_SENSITIVE, // --sensitive
ARG_PRESET_VERY_SENSITIVE, // --very-sensitive
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ARG_NO_SCORE_PRIORITY, // --no-score-priority
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ARG_EXTEND_ITERS, // --extends
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ARG_PEN_NONCANSPLICE,
ARG_PEN_CONFLICTSPLICE,
ARG_PEN_INTRONLEN,
ARG_KNOWN_SPLICESITE_INFILE,
ARG_NOVEL_SPLICESITE_INFILE,
ARG_NOVEL_SPLICESITE_OUTFILE,
ARG_SECONDARY,
ARG_NO_SPLICED_ALIGNMENT,
ARG_RNA_STRANDNESS,
ARG_SPLICESITE_DB_ONLY,
ARG_MIN_HITLEN, // --min-hitlen
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ARG_HOST_TAXIDS, // --host-taxids
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ARG_CLASSIFICATION_RANK,
ARG_EXCLUDE_TAXIDS,
ARG_OUT_FMT,
ARG_TAB_FMT_COLS,
#ifdef USE_SRA
ARG_SRA_ACC,
#endif
};
#endif