Codebase list kmc / 0b3a39f8-a327-4ca0-acd6-99e8965a8ae5/main makefile_mac
0b3a39f8-a327-4ca0-acd6-99e8965a8ae5/main

Tree @0b3a39f8-a327-4ca0-acd6-99e8965a8ae5/main (Download .tar.gz)

makefile_mac @0b3a39f8-a327-4ca0-acd6-99e8965a8ae5/main — raw · history · blame 

 1
 2
 3
 4
 5
 6
 7
 8
 9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
46
47
48
49
50
51
52
53
54
55
56
57
58
59
60
61
62
63
64
65
66
67
68
69
70
71
72
73
74
75
76
77
78
79
80
81
82
83
84
85
86
87
88
89
90
91
92
93
94
95
96
97
all: kmc kmc_dump kmc_tools
	
KMC_BIN_DIR = bin
KMC_MAIN_DIR = kmer_counter
KMC_API_DIR = kmc_api
KMC_DUMP_DIR = kmc_dump
KMC_TOOLS_DIR = kmc_tools

CC 	= /usr/local/Cellar/gcc49/4.9.2/bin/g++-4.9
CFLAGS	= -Wall -O3 -m64 -static-libgcc -static-libstdc++ -fopenmp -pthread -std=c++11 
CLINK	= -lm -fopenmp -static-libgcc -static-libstdc++ -O3 -pthread -std=c++11 
KMC_TOOLS_CFLAGS	= -Wall -O3 -m64 -static-libgcc -static-libstdc++ -pthread -std=c++14
KMC_TOOLS_CLINK	= -lm -static-libgcc -static-libstdc++ -O3 -pthread -std=c++14

DISABLE_ASMLIB = false

KMC_OBJS = \
$(KMC_MAIN_DIR)/kmer_counter.o \
$(KMC_MAIN_DIR)/mmer.o \
$(KMC_MAIN_DIR)/mem_disk_file.o \
$(KMC_MAIN_DIR)/rev_byte.o \
$(KMC_MAIN_DIR)/bkb_writer.o \
$(KMC_MAIN_DIR)/bkb_reader.o \
$(KMC_MAIN_DIR)/fastq_reader.o \
$(KMC_MAIN_DIR)/timer.o \
$(KMC_MAIN_DIR)/radix.o \
$(KMC_MAIN_DIR)/kb_completer.o \
$(KMC_MAIN_DIR)/kb_storer.o \
$(KMC_MAIN_DIR)/kmer.o \
$(KMC_MAIN_DIR)/prob_qual.o

KMC_LIBS = \
$(KMC_MAIN_DIR)/libs/libz.1.2.5.dylib \
$(KMC_MAIN_DIR)/libs/libbz2.1.0.5.dylib

KMC_DUMP_OBJS = \
$(KMC_DUMP_DIR)/nc_utils.o \
$(KMC_API_DIR)/mmer.o \
$(KMC_DUMP_DIR)/kmc_dump.o 

KMC_API_OBJS = \
$(KMC_API_DIR)/mmer.o \
$(KMC_API_DIR)/kmc_file.o \
$(KMC_API_DIR)/kmer_api.o

KMC_TOOLS_OBJS = \
$(KMC_TOOLS_DIR)/kmc_header.o \
$(KMC_TOOLS_DIR)/kmc_tools.o \
$(KMC_TOOLS_DIR)/nc_utils.o \
$(KMC_TOOLS_DIR)/parameters_parser.o \
$(KMC_TOOLS_DIR)/parser.o \
$(KMC_TOOLS_DIR)/tokenizer.o \
$(KMC_TOOLS_DIR)/fastq_filter.o \
$(KMC_TOOLS_DIR)/fastq_reader.o \
$(KMC_TOOLS_DIR)/fastq_writer.o \
$(KMC_TOOLS_DIR)/percent_progress.o
KMC_TOOLS_LIBS = \
$(KMC_TOOLS_DIR)/libs/libz.1.2.5.dylib \
$(KMC_TOOLS_DIR)/libs/libbz2.1.0.5.dylib


ifeq ($(DISABLE_ASMLIB),true)
	CFLAGS += -DDISABLE_ASMLIB
	KMC_TOOLS_CFLAGS += -DDISABLE_ASMLIB
else
	KMC_LIBS += \
	$(KMC_MAIN_DIR)/libs/libamac64.a 
	KMC_TOOLS_LIBS += \
	$(KMC_TOOLS_DIR)/libs/libamac64.a
endif 	

$(KMC_OBJS) $(KMC_DUMP_OBJS) $(KMC_API_OBJS): %.o: %.cpp
	$(CC) $(CFLAGS) -c $< -o $@

$(KMC_TOOLS_OBJS): %.o: %.cpp
	$(CC) $(KMC_TOOLS_CFLAGS) -c $< -o $@

	

kmc: $(KMC_OBJS)
	-mkdir -p $(KMC_BIN_DIR)
	$(CC) $(CLINK) -o $(KMC_BIN_DIR)/$@ $^ $(KMC_LIBS)
kmc_dump: $(KMC_DUMP_OBJS) $(KMC_API_OBJS)
	-mkdir -p $(KMC_BIN_DIR)
	$(CC) $(CLINK) -o $(KMC_BIN_DIR)/$@ $^
kmc_tools: $(KMC_TOOLS_OBJS) $(KMC_API_OBJS)
	-mkdir -p $(KMC_BIN_DIR)
	$(CC) $(KMC_TOOLS_CLINK) -o $(KMC_BIN_DIR)/$@ $^ $(KMC_TOOLS_LIBS)
	
clean:
	-rm $(KMC_MAIN_DIR)/*.o
	-rm $(KMC_API_DIR)/*.o
	-rm $(KMC_DUMP_DIR)/*.o
	-rm $(KMC_TOOLS_DIR)/*.o
	-rm -rf bin

all: kmc kmc_dump kmc_tools