Codebase list kmc / upstream/3.1.2rc1+git20201001.1.a664708 makefile_mac
upstream/3.1.2rc1+git20201001.1.a664708

Tree @upstream/3.1.2rc1+git20201001.1.a664708 (Download .tar.gz)

makefile_mac @upstream/3.1.2rc1+git20201001.1.a664708 — raw · history · blame 

  1
  2
  3
  4
  5
  6
  7
  8
  9
 10
 11
 12
 13
 14
 15
 16
 17
 18
 19
 20
 21
 22
 23
 24
 25
 26
 27
 28
 29
 30
 31
 32
 33
 34
 35
 36
 37
 38
 39
 40
 41
 42
 43
 44
 45
 46
 47
 48
 49
 50
 51
 52
 53
 54
 55
 56
 57
 58
 59
 60
 61
 62
 63
 64
 65
 66
 67
 68
 69
 70
 71
 72
 73
 74
 75
 76
 77
 78
 79
 80
 81
 82
 83
 84
 85
 86
 87
 88
 89
 90
 91
 92
 93
 94
 95
 96
 97
 98
 99
100
all: kmc kmc_dump kmc_tools py_kmc_api

KMC_BIN_DIR = bin
KMC_MAIN_DIR = kmer_counter
KMC_API_DIR = kmc_api
KMC_DUMP_DIR = kmc_dump
KMC_TOOLS_DIR = kmc_tools
PY_KMC_API_DIR = py_kmc_api

CC = /usr/local/gcc-6.3.0/bin/g++
CFLAGS	= -Wall -O3 -m64 -static-libgcc -static-libstdc++ -fopenmp -pthread -std=c++11
CLINK	= -lm -fopenmp -static-libgcc -static-libstdc++ -O3 -pthread -std=c++11
KMC_TOOLS_CFLAGS	= -Wall -O3 -m64 -static-libgcc -static-libstdc++ -pthread -std=c++14
KMC_TOOLS_CLINK	= -lm -static-libgcc -static-libstdc++ -O3 -pthread -std=c++14

KMC_OBJS = \
$(KMC_MAIN_DIR)/kmer_counter.o \
$(KMC_MAIN_DIR)/mmer.o \
$(KMC_MAIN_DIR)/mem_disk_file.o \
$(KMC_MAIN_DIR)/rev_byte.o \
$(KMC_MAIN_DIR)/bkb_writer.o \
$(KMC_MAIN_DIR)/cpu_info.o \
$(KMC_MAIN_DIR)/bkb_reader.o \
$(KMC_MAIN_DIR)/fastq_reader.o \
$(KMC_MAIN_DIR)/timer.o \
$(KMC_MAIN_DIR)/develop.o \
$(KMC_MAIN_DIR)/kb_completer.o \
$(KMC_MAIN_DIR)/kb_storer.o \
$(KMC_MAIN_DIR)/kmer.o \
$(KMC_MAIN_DIR)/splitter.o \
$(KMC_MAIN_DIR)/kb_collector.o

KMC_LIBS = \
$(KMC_MAIN_DIR)/libs/libz.1.2.5.dylib \
$(KMC_MAIN_DIR)/libs/libbz2.1.0.5.dylib

KMC_DUMP_OBJS = \
$(KMC_DUMP_DIR)/nc_utils.o \
$(KMC_DUMP_DIR)/kmc_dump.o

KMC_API_OBJS = \
$(KMC_API_DIR)/mmer.o \
$(KMC_API_DIR)/kmc_file.o \
$(KMC_API_DIR)/kmer_api.o

KMC_API_SRC_FILES = $(wildcard $(KMC_API_DIR)/*.cpp)
PY_KMC_API_OBJS = $(patsubst $(KMC_API_DIR)/%.cpp,$(PY_KMC_API_DIR)/%.o,$(KMC_API_SRC_FILES))

KMC_TOOLS_OBJS = \
$(KMC_TOOLS_DIR)/kmc_header.o \
$(KMC_TOOLS_DIR)/kmc_tools.o \
$(KMC_TOOLS_DIR)/nc_utils.o \
$(KMC_TOOLS_DIR)/parameters_parser.o \
$(KMC_TOOLS_DIR)/parser.o \
$(KMC_TOOLS_DIR)/tokenizer.o \
$(KMC_TOOLS_DIR)/fastq_filter.o \
$(KMC_TOOLS_DIR)/fastq_reader.o \
$(KMC_TOOLS_DIR)/fastq_writer.o \
$(KMC_TOOLS_DIR)/percent_progress.o
KMC_TOOLS_LIBS = \
$(KMC_TOOLS_DIR)/libs/libz.1.2.5.dylib \
$(KMC_TOOLS_DIR)/libs/libbz2.1.0.5.dylib


$(KMC_OBJS) $(KMC_DUMP_OBJS) $(KMC_API_OBJS): %.o: %.cpp
	$(CC) $(CFLAGS) -c $< -o $@

$(KMC_TOOLS_OBJS): %.o: %.cpp
	$(CC) $(KMC_TOOLS_CFLAGS) -c $< -o $@

kmc: $(KMC_OBJS)
	-mkdir -p $(KMC_BIN_DIR)
	$(CC) $(CLINK) -o $(KMC_BIN_DIR)/$@ $^ $(KMC_LIBS)
kmc_dump: $(KMC_DUMP_OBJS) $(KMC_API_OBJS)
	-mkdir -p $(KMC_BIN_DIR)
	$(CC) $(CLINK) -o $(KMC_BIN_DIR)/$@ $^
kmc_tools: $(KMC_TOOLS_OBJS) $(KMC_API_OBJS)
	-mkdir -p $(KMC_BIN_DIR)
	$(CC) $(KMC_TOOLS_CLINK) -o $(KMC_BIN_DIR)/$@ $^ $(KMC_TOOLS_LIBS)

$(PY_KMC_API_DIR)/%.o: $(KMC_API_DIR)/%.cpp
	$(CC) -c -fPIC -Wall -O3 -m64 -std=c++11 $^ -o $@

py_kmc_api: $(PY_KMC_API_OBJS) $(PY_KMC_API_OBJS)
	-mkdir -p $(KMC_BIN_DIR)
	$(CC) -Wl,-undefined,dynamic_lookup -fPIC -Wall -shared -std=c++11 -O3 $(PY_KMC_API_DIR)/py_kmc_api.cpp $(PY_KMC_API_OBJS) \
	-I $(KMC_API_DIR) \
	-I $(PY_KMC_API_DIR)/libs/pybind11/include \
	-I `python3 -c "import sysconfig;print(sysconfig.get_paths()['include'])"` \
	-o $(KMC_BIN_DIR)/$@`python3-config --extension-suffix`


clean:
	-rm -f $(KMC_MAIN_DIR)/*.o
	-rm -f $(KMC_API_DIR)/*.o
	-rm -f $(KMC_DUMP_DIR)/*.o
	-rm -f $(KMC_TOOLS_DIR)/*.o
	-rm -f $(PY_KMC_API_DIR)/*.o
	-rm -f $(PY_KMC_API_DIR)/*.so
	-rm -rf bin