Codebase list genometools / HEAD testdata / filter_nh_file03.gff3
HEAD

Tree @HEAD (Download .tar.gz)

filter_nh_file03.gff3 @HEAD — raw · history · blame 

 1
 2
 3
 4
 5
 6
 7
 8
 9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
##gff-version 3
seq0	LTRharvest	repeat_region	26701	34275	.	?	.	ID=repeat_region1
seq0	LTRharvest	target_site_duplication	26701	26704	.	?	.	Parent=repeat_region1
seq0	LTRharvest	LTR_retrotransposon	26705	34271	.	?	.	ID=LTR_retrotransposon1;Parent=repeat_region1
seq0	LTRharvest	long_terminal_repeat	33477	34271	.	?	.	Parent=LTR_retrotransposon1
seq0	LTRharvest	target_site_duplication	34272	34275	.	?	.	Parent=repeat_region1
###
seq0	LTRharvest	repeat_region	34271	40717	.	?	.	ID=repeat_region2
seq0	LTRharvest	target_site_duplication	34271	34274	.	?	.	Parent=repeat_region2
seq0	LTRharvest	LTR_retrotransposon	34275	40713	.	?	.	ID=LTR_retrotransposon2;Parent=repeat_region2
seq0	LTRharvest	long_terminal_repeat	34275	34773	.	?	.	Parent=LTR_retrotransposon2
seq0	ORFfinder	reading_frame	36903	37274	.	+	.	Parent=LTR_retrotransposon2;frame=0
seq0	ORFfinder	reading_frame	39430	39579	.	-	.	Parent=LTR_retrotransposon2;frame=2
seq0	LTRharvest	long_terminal_repeat	40215	40713	.	?	.	Parent=LTR_retrotransposon2
seq0	LTRharvest	target_site_duplication	40714	40717	.	?	.	Parent=repeat_region2
###
seq0	LTRharvest	repeat_region	473776	477112	.	?	.	ID=repeat_region3
seq0	LTRharvest	target_site_duplication	473776	473779	.	?	.	Parent=repeat_region3
seq0	LTRharvest	LTR_retrotransposon	473780	477108	.	?	.	ID=LTR_retrotransposon3;Parent=repeat_region3
seq0	ORFfinder	reading_frame	473826	474046	.	+	.	Parent=LTR_retrotransposon3;frame=1
seq0	ORFfinder	reading_frame	473936	474007	.	-	.	Parent=LTR_retrotransposon3;frame=2
seq0	LTRharvest	target_site_duplication	477109	477112	.	?	.	Parent=repeat_region3
###